一、留抵退稅適用于所有企業(yè)，但分為三大項實行不同的留抵退稅政策

留抵退稅劃分為三項：
第一項：可以按月申請留抵稅額退稅，允許退還的留抵稅額=當期期末留抵稅額×進項構成比例×100%；
適用于“制造業(yè)”、“科學研究和技術服務業(yè)”、“軟件和信息技術服務業(yè)”、“生態(tài)保護和環(huán)境治理業(yè)”（以下簡稱制造業(yè)等4個行業(yè)）納稅人。
第二項：房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人，允許退還的留抵稅額=當期期末留抵稅額與2019年3月31日期末留抵稅額相比新增加留抵稅額×進項構成比例×60%；
與2019年3月31日期末留抵稅額相比，申請退稅前連續(xù)六個月（按季納稅的，連續(xù)兩個季度，下同）期末新增加留抵稅額均大于零，且第六個月（按季納稅的，第二季度，下同）期末新增加留抵稅額不低于50萬元的，可以向主管稅務機關申請退還第六個月期末新增加留抵稅額的60%。
第三項：除制造業(yè)等4個行業(yè)和房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人以外的其他納稅人，允許退還的留抵稅額=當期期末留抵稅額與申請退稅前一稅款所屬期上一年度12月31日期末留抵稅額相比新增加留抵稅額不超過1億元的部分×進項構成比例×60%+超過1億元的部分×進項構成比例×30%。
申請退稅前連續(xù)六個月期末留抵稅額均大于零，且第六個月期末留抵稅額與申請退稅前一稅款所屬期上一年度12月31日期末留抵稅額相比新增加留抵稅額不低于50萬元的，可以向主管稅務機關申請按比例退還新增加留抵稅額。新增加留抵稅額不超過1億元的部分（含1億元），退稅比例為60%；超過1億元的部分，退稅比例為30%。

二、房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人留抵退稅的特殊規(guī)定

1.“房地產開發(fā)經營”業(yè)務銷售額比重的判斷標準包含預收款。
房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人是指從事《國民經濟行業(yè)分類》中“房地產開發(fā)經營”業(yè)務相應發(fā)生的增值稅銷售額及預收款占其全部增值稅銷售額及預收款的比重超過50%的納稅人。同一計算期間內已經參與比重計算的預收款，不得重復參與增值稅銷售額的計算。預收款是指采取預售方式銷售自行開發(fā)的房地產項目收到的款項。
銷售額及預收款比重根據(jù)納稅人申請退稅前連續(xù)12個月的銷售額及預收款計算確定；申請退稅前經營期不滿12個月但滿3個月的，按照實際經營期的銷售額及預收款計算確定。
2.房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人不符合第二項規(guī)定的，可以按照第三項規(guī)定申請退還期末留抵稅額。
3.同時符合“制造業(yè)等4個行業(yè)納稅人”和“房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人”規(guī)定的，應當按照第二項的規(guī)定辦理留抵退稅，如不符合第二項，按第三項的規(guī)定辦理留抵退稅。
舉例：某納稅人兼營房地產開發(fā)經營業(yè)務和制造業(yè)業(yè)務，申請退稅前連續(xù)12個月房地產開發(fā)經營業(yè)銷售額200萬元，采取預售方式銷售自行開發(fā)的房地產項目收到的預收款400萬元，制造業(yè)增值稅銷售額400萬元。按照“制造業(yè)等4個行業(yè)納稅人”的判定標準，該納稅人制造業(yè)等4個行業(yè)增值稅銷售額比重為67%【=400÷（400+200）×100%】，比重大于50%，因此該納稅人符合“制造業(yè)等4個行業(yè)納稅人”的判定標準。同時，該納稅人房地產開發(fā)經營業(yè)務相應發(fā)生的增值稅銷售額及預收款占全部增值稅銷售額及預收款的比重為60%【=（200+400）÷（400+200+400）×100%】，比重也超過50%，因此該納稅人符合“房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人”的判定標準。在此情況下，納稅人應按照“房地產開發(fā)經營業(yè)納稅人”申請辦理留抵退稅。若該納稅人不符合第二項“與2019年3月31日期末留抵稅額相比，申請退稅前連續(xù)六個月期末新增加留抵稅額均大于零，且第六個月期末新增加留抵稅額不低于50萬元”的規(guī)定，但符合第三項規(guī)定的，可以按照其他納稅人留抵退稅政策申請辦理留抵退稅。

與2019年和2022年相比，進項構成比例的分子范圍擴大

2025年進項構成比例：分子包含七類增值稅扣稅憑證
為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的增值稅專用發(fā)票、海關進口增值稅專用繳款書、完稅憑證、機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票、收費公路通行費增值稅電子普通發(fā)票、電子發(fā)票（航空運輸電子客票行程單）、電子發(fā)票（鐵路電子客票）等增值稅扣稅憑證（以下簡稱七類增值稅扣稅憑證）注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。
2019年進項稅額構成比例：分子包含四類增值稅扣稅憑證
為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含稅控機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。
2022年進項稅額構成比例：分子包含五類增值稅扣稅憑證
為2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的增值稅專用發(fā)票（含帶有“增值稅專用發(fā)票”字樣全面數(shù)字化的電子發(fā)票、稅控機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）、收費公路通行費增值稅電子普通發(fā)票、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證注明的增值稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。
注意：2025年進項構成比例的分子，增值稅扣稅憑證不包含自產農產品普通發(fā)票、國內旅客運輸服務增值稅電子普通發(fā)票。
在計算允許退還的留抵稅額的進項構成比例時，參與計算所屬期內按照規(guī)定轉出的進項稅額，無需從已抵扣的七類增值稅扣稅憑證注明的增值稅額中扣減。

四、留抵稅額先抵增值稅欠稅之后留抵退稅

納稅人既有增值稅欠稅，又有期末留抵稅額的，按照最近一期增值稅及附加稅費申報表“期末留抵稅額”，抵減增值稅欠稅后的余額確定允許退還的留抵稅額。

五、應先辦理免抵退稅，后辦理留抵退稅

納稅人出口貨物或者跨境銷售服務、無形資產，適用免抵退稅辦法的，應當先辦理免抵退稅，免抵退稅辦理完畢后，仍符合留抵退稅條件的，可以按辦理留抵退稅；
適用免退稅辦法的，對應進項稅額不得用于退還留抵稅額。

六、在收到稅務機關準予留抵退稅的《稅務事項通知書》當期作進項稅額轉出

納稅人應當在收到稅務機關準予留抵退稅的《稅務事項通知書》當期，以稅務機關核準的允許退還的留抵稅額沖減期末留抵稅額，并在辦理增值稅納稅申報時，相應填寫增值稅及附加稅費申報表相關欄次，按照規(guī)定作進項稅額轉出。

七、留抵退稅與增值稅即征即退、先征后返（退）不得同時享受，但可以互相轉換，但轉換后36個月內不得變更。

納稅人自2019年4月1日起已取得留抵退稅款的，不得再申請享受增值稅即征即退、先征后返（退）政策。納稅人一次性將已取得的留抵退稅款全部繳回后，可以就繳回當月起發(fā)生的增值稅應稅交易按照規(guī)定申請享受增值稅即征即退、先征后返（退）政策。
　　納稅人自2019年4月1日起已享受增值稅即征即退、先征后返（退）政策的，一次性將已退還的增值稅即征即退、先征后返（退）稅款全部繳回后，可以自全部繳回次月起按照規(guī)定申請退還期末留抵稅額。
納稅人按照上述規(guī)定全部繳回已退稅款后適用留抵退稅或者即征即退、先征后返（退）政策的，自全部繳回次月起36個月內不得變更。

八、納稅人納稅繳費信用級別若不再是A級或B級，之前已經按規(guī)定申請辦理的留抵退稅不需要繳回。

已完成退稅的A級或B級納稅人，因年度評價、動態(tài)調整等原因，當前納稅繳費信用評價結果不再是A級或B級的，其前期已取得的留抵退稅款不需要繳回。

九、納稅人以隱匿收入、虛增進項稅額、虛假申報或其他欺騙手段騙取留抵退稅款的，由稅務機關追繳其騙取的退稅款，并按照《中華人民共和國稅收征收管理法》等有關規(guī)定處理。