實(shí)行農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額核定扣除辦法的納稅人，購進(jìn)農(nóng)產(chǎn)品不再憑增值稅扣除憑證（如農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票、銷售發(fā)票等）抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額。 這種情況下，不是按照傳統(tǒng)的憑借購進(jìn)時的相關(guān)憑據(jù)（收購發(fā)票、銷售發(fā)票等）來直接計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。而是根據(jù)財稅[2012]38 號文件規(guī)定的核定扣除辦法來確定進(jìn)項(xiàng)稅額。 核定扣除辦法通常是根據(jù)投入產(chǎn)出法、成本法、參照法等方法，結(jié)合企業(yè)生產(chǎn)銷售產(chǎn)品的實(shí)際情況，按照一定的公式和標(biāo)準(zhǔn)來計(jì)算可抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額。 例如投入產(chǎn)出法，當(dāng)期允許抵扣農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額 = 當(dāng)期農(nóng)產(chǎn)品耗用數(shù)量×農(nóng)產(chǎn)品平均購買單價×扣除率÷（1＋扣除率），其中當(dāng)期農(nóng)產(chǎn)品耗用數(shù)量 = 當(dāng)期銷售貨物數(shù)量（不含采購除農(nóng)產(chǎn)品以外的半成品生產(chǎn)的貨物數(shù)量）×農(nóng)產(chǎn)品單耗數(shù)量等。