總局公告2017年40號，（二）企業(yè)取得研發(fā)過程中形成的下腳料、殘次品、中間試制品等特殊收入，在計算確認(rèn)收入當(dāng)年的加計扣除研發(fā)費(fèi)用時，應(yīng)從已歸集研發(fā)費(fèi)用中扣減該特殊收入，不足扣減的，加計扣除研發(fā)費(fèi)用按零計算。 問題：1，“從已歸集研發(fā)費(fèi)用中扣減該特殊收入”，這里的被減數(shù)“已歸集研發(fā)費(fèi)用”，是指計算加計扣除費(fèi)用的“基數(shù)”，還是指“計算確認(rèn)后”的加計扣除費(fèi)用？ 2.這里的意思只是說，如果有下腳料等特殊收入，計算加計扣除的基數(shù)要扣減，實(shí)質(zhì)上就是不讓產(chǎn)生特殊收入對應(yīng)的材料“加計扣除”，但是“據(jù)實(shí)扣除”還是可以的，是嗎？ 3.請舉例子說明這個規(guī)定。