單位、合伙企業(yè)（基金）轉(zhuǎn)讓新三板上市企業(yè)股份，增值稅的繳納情況不確定，存在爭議。 一種觀點認(rèn)為需要繳納增值稅。依據(jù)是《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36 號）規(guī)定，金融商品轉(zhuǎn)讓包括轉(zhuǎn)讓有價證券等，新三板企業(yè)股權(quán)可歸為 “有價證券”，且《國務(wù)院關(guān)于全國中小企業(yè)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)有關(guān)問題的決定》（國發(fā)〔2013〕49 號）提到，市場建設(shè)中涉及稅收政策的，原則上比照上市公司投資者的稅收政策處理，上市公司股票轉(zhuǎn)讓需繳納增值稅，所以新三板企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓也應(yīng)繳納。一般納稅人適用 6% 稅率，小規(guī)模納稅人適用 3% 征收率，以賣出價扣除買入價后的余額為銷售額。 另一種觀點認(rèn)為無需繳納增值稅。因為新三板掛牌企業(yè)屬于非上市公眾公司，其股權(quán)不屬于有價證券，根據(jù)現(xiàn)行增值稅稅制安排，股權(quán)轉(zhuǎn)讓不屬于增值稅征收范圍，只有股票在內(nèi)的金融商品轉(zhuǎn)讓才屬于增值稅的征稅范圍，所以轉(zhuǎn)讓新三板企業(yè)股權(quán)暫不征收增值稅。