水利基金可以差額計稅，但是需要符合相關(guān)法規(guī)規(guī)定。根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》總則規(guī)定，企業(yè)可以申請捐贈水利基金，并享受一定的稅收減免。而且，企業(yè)捐贈水利基金還可以結(jié)合其他捐贈事項，合理的分類辦理，做到同時處理多個捐贈事項，避免重復(fù)捐贈，節(jié)省稅收費用。