這個不是在國內短產生的嗎？

根據《財政部國家稅務總局關于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）有關規(guī)定，物流輔助服務，包括航空服務、港口碼頭服務、貨運客運場站服務、打撈救助服務、裝卸搬運服務、倉儲服務和收派服務。經紀代理服務，是指各類經紀、中介、代理服務。包括金融代理、知識產權代理、貨物運輸代理、代理報關、法律代理、房地產中介、職業(yè)中介、婚姻中介、代理記賬、拍賣等

那他們把所有港雜費跟報關費一起開成代理運費可以嗎？

可以的，可以開成代理運費的