在合并比較報表中，被合并方的商譽應該按照以下方式處理：
1. 商譽的確認：被合并方的商譽應該在合并時被確認。商譽是指超過被合并方凈資產的購買價格與凈資產之間的差額。
2. 商譽的攤銷：商譽應該在合并后的每個會計期間進行攤銷。攤銷的期限應該根據商譽的預期使用期限來確定。如果商譽的使用期限無法確定，則應該使用最長的期限，但不超過20年。
3. 商譽的減值：如果商譽的價值低于其賬面價值，則應該進行減值測試。如果商譽的價值低于其賬面價值，則應該對商譽進行減值。
4. 商譽的披露：在合并比較報表中，應該對商譽進行披露。披露應該包括商譽的金額、攤銷期限、減值測試結果以及其他相關信息。

總之，在合并比較報表中，被合并方的商譽應該按照相關會計準則進行處理和披露。